浙江清華長三角研究院生物技術與醫藥研究所成立于 2006 年 1 月 12 日，是研究院建院之初建立的五所一中心之一。研究所擁 有一個省級重點實驗室-浙江省應用酶學重點實驗室，此外具有 多個中心。研究所立足于生物醫學發展前沿，以學科上有明顯 的優勢和特點著力打造四個生物醫藥孵化平臺：細胞治療孵化 平臺、 體外診斷孵化平臺、 新藥創制孵化平臺和海洋生物醫 藥孵化平臺。擬通過孵化能力建設， 在嘉興科技城孵化一批生 物醫藥初創企業， 進而帶動生物醫藥科創園的建設。 幫助嘉 興科技城在生物醫藥領域逐步形成產業集聚和人才聚集。 助力 “東方硅谷”、“G60 科創走廊”、“大灣區”等區域戰略目標的 實現。生物技術與醫藥研究院創辦的宗旨是打造國際一流的新 型創新載體。生物技術與醫藥研究所的任務是整合清華大學生 命科學學院、醫學院和藥學院基礎科研能力，在嘉興打造生物 醫學科技成果轉化基地。

生態環境研究所 (簡稱: 環境所) 成立于2006年，是由清華大學環境學院和浙江清華長三角研究院共同建立的環境保護技術研究機構和成果轉化基地。研究所現擁有環境領域人才30余人，其中高級工程師9名，碩博人才19名。擁有浙江省水質科學與技術重點實驗室等多個研發平臺；兩個市級重點創新團隊，其中“嘉興市水質安全保障創新團隊”為嘉興市首批重點創新團隊。完成國家和省部級環保科研課題30余項，市廳和區級科研課題50余項，面向政府和企業提供環保技術服務170余項。先后獲得省部級科學技術獎4項、市廳級科學技術獎14項。研究所的定位和目標是以清華大學的技術和人才為依托，大力推動浙江省和長三角地區在生態環境領域的應用技術研究和科技成果轉化；建立相應的研發基地與示范工程，帶動和促進地方環保產業的成長，為地方經濟可持續發展服務；同時為本地區在生態環境領域匯聚和培養高級環保人才；為中外企業和研究機構的交流搭建良好的科技服務平臺。

浙江清華長三角研究院（簡稱研究院）現代農業工程技術研究所（簡稱農業所）于2014年12月成立，依托清華大學和研究院的人才、技術和知識優勢，立足浙江及長三角地區農業發展現狀，圍繞生態農業、減磷減氮、生物農藥、智能農機設備以及農業循環經濟等技術領域進行技術創新和產業孵化，為國家糧食安全、食品安全以及農業可持續健康發展作出貢獻。

浙江清華長三角研究院分析測試中心建于2014年，為浙江清華長三角研究院直屬機構。由建于2006年的生態環境研究所環境監測研究室和2009年的先進制造所科學儀器研究室合并成立。中心主要針對環境、農產品/食品等主要問題，以分析測試為抓手，應用大數據技術，發展“保安全、促健康”的創新技術體系，在檢驗檢測、風險分析、風險管理、專有檢測儀器和工藝設備等關鍵領域，不斷研發符合社會經濟發展所需的新技術、新產品，加強技術創新與產業的有機結合，促進科技成果向產業轉移。